长期化肥农药的大量使用，给予了微生物类产品的发展空间，微生物菌剂目前的确有很大的市场空间。微生物菌剂也已经发展了很长时间，但是是市场环境尚未成熟还是什么原因，微生物菌剂的发展速度却明显低于其他大品类的产品。我们对此做了分析，总结出以下几点原因：
产品众多，质量不一，导致微生物菌剂市场的整体水平高低不一，影响了这个市场的整体推进。
影响微生物菌剂质量主要是菌种与生产工艺，不同企业生产的同类产品质量差异大；不同生产批次间差异大。菌种和产品同质化问题严重，不重视菌种的筛选、保藏、复壮等。配套生产工艺不尽合理，对于微生物菌剂精细化技术含量高的产品，生产工艺是决定产品质量的关键因素。有的企业斥巨资在生产设备上，而有的企业设备不配套，生产出的产品质量当然就会有高低。现在也存在不少企业主要凭经验生产，设备不配套，企业间的设备和工艺差距大。
保质期内产品质量变化大等，导致应用效果的不稳定。
菌剂生产厂家工艺不合格，很多液体包装或者桶装很多产品会出现胀气，胀气是因为微生物是活体，在发酵时是在桶里面添加适宜微生物生长的有机质，完成自身定殖，数量成基数的增长。出灌包装成成品，发到市场上一定要使微生物处于休眠状态。休眠状态时间长短，一方面与营养物质浓度有关，另外还跟接触的外界温度，菌剂抗逆活性有很大关系。
市场鱼龙混杂，真假难辨，劣币驱逐良币的现象还是不少的，农户不会拿种植的东西开玩笑，需要好的人员来推广，很多不良厂家生产的伪劣产品损害了农户利益，农户不再相信，很多厂家重视生产，不重视推广，想推广找不到高效推广人员，导致微生物菌剂在国内很难以推广，这都是为什么微生物菌剂或者说其他新产品很难铺展开的原因。
尤其是推广人员，更应该把握好微生物菌剂的应用技术。如果技术推广人员，简单的随水冲施，灌根之类的，他的试验示范很可能事倍功半，大部分这样做的企业试验示范开始时看到效果，但后期就没什么区别了，因为并未切实了解微生物菌剂的作用条件和使用条件，包括他们推广不同方向的使用方式都是有差别的。
很多时候，如果推广不到位，很容易让农户对微生物菌剂理解产生偏差，让农户陷入观念误区，影响了产品的深度推广。
微生物菌剂施入土壤，微生物生长是受环境影响的，并非使用后立马见效，也不是一次使用就长期见效。
部分微生物菌种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。再者微生物菌剂是土壤中微生物的补充，加速分解，它不能替代化肥，用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，减少部分化肥的投入。
用菌剂的过程中，并不单单使用菌剂，单独使用菌剂的话，效果会打折扣，需要为菌剂提供营养。
做的比较好的厂家在推广菌剂的时候，会跟腐殖酸或其他的有机肥配合使用，微生物赖以生存的主要还是碳和水，所以同一个产品还是在有机质含量高的地方效果好。
微生物肥料使用方式灵活多样。液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施，不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌根使用时采取局部用肥的方法会有利于肥效的发挥。
微生物菌剂的市场容量比较大的，推广的卖点也比较多，改善土壤团粒结构、降解重金属、修复土壤、治重茬、土传病害等。
从市场推广上，大而全的产品是没有价值的，一个菌剂推广六到七个方向，一旦老百姓某一个方向使用效果比较差，就会全盘否定你的产品。在做市场推广时，一定要抓住老百姓切身痛点，他需要菌剂到底是做什么，是不是降解重金属，是不是解决重茬，就算是解决重茬，菌剂到底有没有效果这是很关键的。
