枯草芽孢杆菌是一种生物制剂，对作物、土壤都有很好的生长调节作用，基本是多功能的，不是只针对一点起作用，最重要的是它的使用效果是累加的，是单纯的肥料或激素达不到的。因此被广泛应用到种植、水产、环保、医药等领域。
研究表明在农业生产中，枯草芽孢杆菌对土壤和作物有以下作用：
一、抗生作用
抗生作用是指微生物通过产生代谢产物在低浓度下就能够对病原（有害）微生物的生长和代谢产生抑制作用，从而来影响病原（有害）微生物的生存和活动。近半个世纪以来，人们从枯草芽孢杆菌不同菌株的代谢产物中分离纯化了多种有效的抗菌物质。此功能对于提高植物抗病能力有莫大的贡献。
二、诱导植物产生抗性，促进植物生长
诱导植物产生抗性作用是指枯草芽孢杆菌不但能够抑制植物病原菌，而且还能够诱发植物自身抗病机制，从而增强植物的抗病性能的作用。
枯草芽孢杆菌的抗逆性最强、功能最多、适应性最广、效果最稳定。枯草芽孢杆菌能够产生类似细胞分裂素、植物生长激素的物质，促进植物的生长使植物抵抗病原菌的侵害。
三、保护环境
枯草芽孢杆菌大量应用于生物肥料。当作用于作物或土壤时，能够在作物根际或体内定殖，并起到特定肥料效应。
目前，微生物肥料在培肥地力，提高化肥利用率，抑制农作物对硝态氮、重金属、农药的吸收，净化和修复土壤，降低农作物病害发生等方面有重大贡献。
四、枯草芽孢杆菌对土壤微生物的呼吸强度的影响
土壤呼吸强度作为土壤生物活性指标之一，能够在一定程度上反应土壤营养物的转化和供应能力，其呼吸速率变化及变化方向也反应了生态系统对敏感程度的响应模式，是环境安全评价的一项重要指标，当土壤受到外来污染物污染时，微生物为了维持生存可能需要更多的能量，而使土壤微生物的代谢活性发生不同程度的响应。
研究表明，各质量分数处理的枯草芽孢杆菌均表现为对土壤呼吸作用的刺激效应，并且土壤中枯草芽孢杆菌质量分数越大，对土壤呼吸强度的刺激作用越大，即土壤的呼吸能力越好。
五、影响植物的气空开闭。
在高浓度盐类作用下， 气孔保卫细胞内的淀粉形成受到阻碍， 使细胞不能关闭，植物容易干旱枯萎。而选择耐盐的巨大芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌优势菌株，生产出生物有机肥，在投入成本相同的情况下，植物生长发育良好，产量增加，而且盐碱地土壤理化性状得到改善，土壤微生物数量增多。
枯草芽孢杆菌无致病性，且定殖、繁殖速度快，还具有良好的发酵 基础，能迅速抑制病原微生物生存，起到“贴身”保护植物，确保植物健康成长的作用，所以国内专家对枯草芽孢杆菌的评价是 “用量少，防效好，绿色又环保，增产又增收”。
